Der Wahlpflichtbereich II wurde eingerichtet, um den Schülerinnen und Schülern Gelegenheit zu geben, einen individuellen Neigungsschwerpunkt zu erproben. So besteht zum Beispiel die Möglichkeit, ab Klasse 9 eine dritte Fremdsprache zu belegen. Die Schülerinnen und Schüler können aber etwa auch einen naturwissenschaftlichen oder gesellschaftswissenschaftlichen Schwerpunkt wählen.
Das Spektrum des Differenzierungsbereiches ist am Bischöflichen Gymnasium St. Ursula besonders umfangreich, so dass zwischen folgenden Angeboten (jeweils vierstündig) gewählt werden kann:
Lateinisch, Französisch, Informatik, Astronomie, Energie und Umwelt und Sozialwissenschaften / Jugend debattiert.
Die Angebote sind in den Klassen 9 und 10 durchgehend zu belegen. Die dritte Fremdsprache kann in der Oberstufe fortgeführt werden. Ein Wechsel der Kurse kann nur in besonderen Ausnahmefällen bis zum Ende des ersten Halbjahres in der Klasse 9 nach Rücksprache mit der Mittelstufenkoordination erfolgen. In jedem Fach des Wahlpflichtbereiches II werden zwei Kursarbeiten pro Halbjahr geschrieben. Die Kurse zählen bei der Versetzung trotz der Kursarbeiten nur als Nebenfach.