Das Bischöfliche Gymnasium Sankt Ursula bietet ein umfangreiches Fächerangebot an, aus dem die Schülerinnen und Schüler im Rahmen der gesetzlich vorgegebenen Rahmenbedingungen wählen können. Das Fächerangebot wird ganz bewusst von der Schule vorgegeben und nicht in die Beliebigkeit von Schülerwahlen gestellt, damit eine Durchlässigkeit durch die Jahrgangsstufen gewährleistet ist. So finden die Jugendlichen, die eine Jahrgangsstufe wiederholen müssen, die für ihre Laufbahn notwendigen Kurse wieder vor und müssen gegebenenfalls keinen Schulwechsel vornehmen.
Das Fächerangebot ist breit angelegt und ausgewogen zwischen den drei Aufgabenfeldern verteilt, damit die unterschiedlichen Begabungen und Interessen der Schülerinnen und Schüler Berücksichtigung finden können.
In der Einführungsphase finden alle Kurse ausschließlich als dreistündige Grundkurse statt, in den beiden Jahrgangsstufen der Qualifikationsphase belegen die Schülerinnen und Schüler zwei Kurse als Leistungskurse (fünfstündig) und die anderen Kurse als Grundkurse (dreistündig).